Programoje numatyta įgyvendinti keturis prioritetus ir pasirinktus teminius tikslus (toliau – TT).
- 3-asis TT: Vietos kultūros skatinimas ir istorinio paveldo išsaugojimas. Prioritetas: Istorinio ir gamtos paveldo atkūrimas ir pritaikymas, kultūros, kultūrinių tinklų kūrimo ir turizmo plėtros skatinimas.
- 4-asis TT: Socialinės įtraukties skatinimas ir kova su skurdu. Prioritetas: Socialinės įtraukties skatinimas ir bendradarbiavimas BPS regione gerinant sveikatos priežiūros, socialines ir švietimo paslaugas bei vietos bendruomenės iniciatyvų rėmimas.
- 5-asis TT: Gero valdymo vietos savivaldos ir regionų lygmeniu stiprinimas. Prioritetas: Bendradarbiavimo tarp valdžios institucijų skatinimas ir vietos bendruomenių stiprinimas.
- 10-asis TT: Valstybinių sienų valdymo ir sienų apsaugos, mobilumo ir migracijos valdymo gerinimas. Prioritetas: Efektyvaus sienos kirtimo proceso užtikrinimas.
