Dėl Rusijos, palaikomos Baltarusijos, karo prieš Ukrainą visi projektai baigiami tik ES pusėje, t.y. Latvijoje ir Lietuvoje. Programos vadovaujančioji institucija inicijavo Baltarusijoje išleistų ES lėšų susigrąžinimą.
2022 m. lapkričio 11 d. Europos Sąjungos oficialiajame leidinyje L 292 buvo paskelbtas naujas teisės aktas "2022 m. lapkričio 9 d. Europos Parlamento ir Tarybos reglamentas (ES) 2022/2192, kuriuo dėl 2014–2020 m. bendradarbiavimo programų, remiamų pagal Europos kaimynystės priemonę ir įgyvendinamų pagal Europos teritorinio bendradarbiavimo tikslą, įgyvendinimo sutrikdymo nustatomos konkrečios nuostatos", kurio nuostatos leidžia Programos institucijoms sėkmingai įgyvendinti Programą.
2020 m. rudenį, remiantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2020 m. spalio 28 d. pasitarimo Nr. 47 8 klausimu priimtu protokoliniu sprendimu „Dėl tolesnio 2014–2020 m. Latvijos, Lietuvos ir Baltarusijos bendradarbiavimo per sieną programos įgyvendinimo“, Programos vadovaujančioji institucija sustabdė mokėjimus, skirtus paramos gavėjams iš Baltarusijos.
